用于Ab initio蛋白质三维结构预测的新型链接预测算法

摘要

蛋白质链接(Cα-Cα＜8(A))预测是根据蛋白质序列的比对得到的一个概率图表,常用的方法可以分为三种:机器学习,共同进化和meta方法.用朴素贝叶斯和机器学习方法设计了新的蛋白质链接预测软件NN-BAYES,并且将NN-BAYES整合到蛋白质三维结构预测软件QUARK中.结果显示:NN-BAYES可以将蛋白质链接预测精度提高15％-24％,在将NN-BAYES整合入QUARK之后,QUARK可以将简单蛋白质三维结构预测精度提高47.6％,复杂蛋白质结构预测精度提高7％.