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基于Pthreads的并行DSRC压缩算法设计与实现

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高通量测序仪产生大量的DNA数据,FASTQ是存储DNA数据被广泛使用的数据格式.对FASTQ格式的数据进行压缩处理,能有效的节省存储空间.DSRC算法具有压缩比高的优点,因此对DSRC算法进行并行,能提高压缩FASTQ格式的DNA数据的效率.本文基于Pthreads,并行了DSRC算法,测试结果表明,当使用4线程,加速比达到3.5.

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来源
《2013全国高性能计算学术年会》|2013年|782-786|共5页
会议地点桂林
作者
ZHAN Ke; 詹科; ZHANG Yunquan; 张云泉; WANG Ting; 王婷; ZHENG Jingjing; 郑晶晶; ZHANG Peng; 张鹏;
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作者单位

中国计算机学会;

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会议组织
正文语种
原文格式 PDF
中图分类 Q523.8:TP399;
关键词
脱氧核糖核酸序列; 并行算法; 数据压缩; 加速比;

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