鸡新城疫病毒新疆分离株HN基因的克隆及遗传变异分析

摘要

从新疆乌鲁木齐市郊区个体专业养禽场发病鸡群中分离到3株鸡新城疫病毒(NDV)，分别命名为XJ/9/08株、XJ/10/08株和XJ/17/08株。本实验通过RT-PCR扩增了3株NDV新疆株HN蛋白的全长基因。序列测定表明，获得的3个NDV新疆分离株的HN蛋白全基因核苷酸序列分别为1816bp、1776bp和1757bp，均含有一个开放阅读框(ORF)，分别编码578、572和572个氨基酸。同源性分析结果显示，XJ/9/08株与LaSota株、Clone30等疫苗株的核苷酸同源率最高，为99.3％～98.6％，与TaiWan95的同源率最低，为81.9％。XJ/10/08株和XJ/17/08株与TaiWan95的核苷酸同源率最高，为94.5％～95.4％，与疫苗株的同源率较低，为80.2％～82.8％。遗传进化分析表明，XJ/9/08株与疫苗株LaSota和Clone30亲缘关系较近并位于同一个分支上，与其它两株的亲缘关系较远。XJ/10/08株和XJ/17/08株与江苏株(JS/4/05)、广西株(GX/4/05)、浙江株(ZJ/1/00)、Taiwan95位于一个分支上，亲缘关系很近，而与疫苗株LaSota和Clone30的亲缘关系较远。