烟草芸薹黄化病毒安徽分离物基因组全序列获得及分析

摘要

在安徽省采集疑似烟草病毒病烟草样本,样本经RNA提取,小RNA文库构建.利用高通量测序技术对样本的小RNA进行测序,利用软件对测得的短序列进行组装,通过生物信息学方法将组装的重叠群进行数据库比对.利用RT-PCR、cDNA末端快速克隆(RACE)技术将测得的重叠群进行连接.研究得出,侵染烟草的病毒为芸薹黄化病毒(Brassica yellowsvirus-strain Anhui isolate,BrYV-AH),该病毒基因组全长5678bp,编码6个开放阅读框.对所得序列进行BLAST分析,利用MEGA软件对所测得的BrYV-AH基因组全序列与GenBank中已报道的BrYV基因组序列进行系统进化分析,发现BrYV-AH属于马铃薯卷叶病毒属成员.序列重组分析软件RDP4分析,BrYV-AH是一株重组病毒.