1株Ⅶ型新城疫病毒融合蛋白基因的克隆与分子生物信息学分析

摘要

为了研究Ⅶ型新城疫病毒CY1株的进化情况,分析NDV遗传变异和基因功能,应用RT-PCR扩增NDV辽宁分离株CY1株的融合蛋白基因,进行测序分析,构建系统进化树,并用生物信息软件进行蛋白质结构功能分析.结果显示,NDV F蛋白基因全长1662bp,编码553个氨基酸.生物信息学分析结果表明,F蛋白的分子质量为58991.0u,理论等电点为8.48,半衰期为30h(哺乳动物类网状细胞),不稳定系数31.62,脂肪指数为108.12,总平均疏水性0.174,最大疏水性为3.078,最小疏水性为-2.578,信号肽序列为第1～31位氨基酸残基,跨膜区结构分析表明该蛋白为跨膜蛋白,预测可能含有6个N-糖基化作用位点、9个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、7个蛋白激酶C磷酸化位点、14个N-豆蔻酰化位点、1个酰胺化位点、1个亮氨酸拉链、1个微体C端靶信号位点、1个双向核定位信号.系统进化分析结果表明,CY1株与zjl株进化距离最近.