河北梨转录组高通量测序及分析

摘要

河北梨是特产于我国的野生濒危物种,已被列为我国极小种群之一.目前,河北梨的分子生物学研究较少,基因数据库资源极度缺乏.本文通过对河北4个混合样品的转录组测序及其抗性相关基因的表达分析,结果表明:转录组测序总共获得7.32GB数据,25877477个高质量reads,GC含量为47.69％,共拼接了448278条unigenes.Unigenes在各数据库中功能注释数目,在COG中有7505条,在GO中有18590条,在Swissprot中有19248条,在Nr中有26941条;在KEGG中有5104条,共定位到123个不同的代谢分支中.基于河北梨的抗性特征,我们初步探索利用转录组数据库研究抗性基因表达,分析转录组数据库中与植物病原菌互作反应、激素信号转导、谷胱甘肽代谢与抗坏血酸代谢等途径的相关基因,发掘河北梨抗性研究新领域.本研究对河北梨转录组的组装和功能注释获得了大量转录本信息,为河北梨的分子生物学研究提供了宝贵的基因数据来源.