水貂外周血淋巴细胞转录组RNA-Seq数据的de novo拼接和信息比对研究

摘要

本文采用2代测序技术,对水貂(Mink,Mustela lutreola)外周血白细胞转录组进行了RNA-Seq测序、de novo拼接和信息比对研究.结果表明:转录组测序共得到了3.1GB的原始数据,共32245804个reads,去除载体信息的数据量为28797350个reads.经质量控制和de novo拼接后,对组装出来的转录本利用TransDecoder鉴定coding区域,共获得了118868条水貂转录本,其平均长度为525.53bp.利用Trinotate对ORF和contigs进行功能注释,用Uniprot database、RNAMMER、eggNOG、GO、KEGG对预测出来的序列进行注释.本研究首次对国内水貂外周血白细胞进行了较全面的转录组测序,旨在为后续开展水貂进化研究及免疫机制研究提供参考,为发掘水貂重要驯化基因提供新的序列资源,并将促进水貂表达分析研究的进一步发展,为水貂全基因组测序项目提供较好的注释基础.