采用ChIP-chip技术分析大鼠肺成纤维细胞转分化前后全基因组蛋白修饰的甲基化水平

摘要

目的:研究经SiO2染毒的肺成纤维细胞转分化前后全基因组蛋白修饰的甲基化水平.rn 方法:原代培养大鼠肺巨噬细胞和肺成纤维细胞,采用Transwell共培养建立矽肺体外模型,收集共培养24h后的肺成纤维细胞,采用染色质免疫共沉淀联合芯片技术(ChIP-chip)分别对肺成纤维细胞全基因组蛋白三甲基化进行高通量筛选,染色质免疫共沉淀-实时荧光定量聚合酶联反应(ChIP-qPCR)验证芯片结果,定量反转录聚合酶联反应(qRT-PCR)检测H3K4和H3K27同时出现显著差异的mRNA表达水平.rn 结果:经两组细胞组蛋白H3K4、H3K27三甲基化水平对比,共筛选出1815个基因存在H3K4显著性差异,其中518个基因出现H3K4三甲基化程度增高,1297个基因H3K4三甲基化程度降低;同时筛选出1850个基因存在H3K27显著性差异,有198个基因出现H3K27三甲基化程度增高,1652个基因H3K27三甲基化程度降低.经过对数据的分析和比较,进一步统计了每个阳性基因的高甲基化启动子位点数目,缩小并确定了进一步研究的基因范围.即H3K4三甲基化上调同时伴随调基因有166个基因,而三甲基化下调同时伴随H3K27三甲基化上调有37个基因.前者两个基因的变化可能共同刺激基因转录,后者二者的变化可能共同抑制基因转录.ChIP-qPCR验证结果与CpG岛芯片结果一致.rn 结论:经SiO2染毒的肺成纤维细胞转分化前后全基因组蛋白H3K4和H3K27三甲基化水平存在显著改变,以H3K27去甲基化和H3K4甲基化为主.