口蹄疫病毒G-01株基因组编码区的序列分析

摘要

本研究参考GenBank中O型FMDV全基因序列,分段设计了9对引物,应用RT-pCR方法对G-01株的基因组编码区序列进行了克隆和序列测定,获得了该毒株基因组编码区的核苷酸序列(6966bp)并推导出其编码的氨基酸序列(2322aa).将获得的G-01株基因组编码区的核苷酸序列与参考的14株FMDV基因序列进行比较分析,结果表明,本毒株的3A蛋白的92-101位缺失10aa,VP1基因的133-160位的关键位点没有变化,该毒株与以HKN/2002株为代表的7株O型毒株的同源性较高,与香港HKN/2002株遗传关系最近,而与另外7株O型毒株同源性较低,其遗传关系也较远.由此推断G-01与HKN/2002株属于遗传关系较近的毒株,这两株病毒有着相同的进化起源.本研究为以后研究该毒株的分子致病基础、起源进化,分子流行病学、病毒各基因的功能奠定基础.