C-38 用纳米孔道测定蛋白质序列的分子动力学模拟

摘要

作为一种新的尝试,近期,人们力图发展基于纳米孔道传感器的检测生物分子(如DNA[1])结构的全新方法.由于拉伸分子动力学模拟(Steer Molecular Dynamics Simulation,SMD)技术,可通过解析单分子力谱来获取被拉伸体系的力学特征,预测其生物化学性质,因而,它对于指导纳米孔道传感器的工艺设计与信号检测方案的制定而言,是一个有力工具. 蛋白快速测序问题,依然是技术上的挑战.我们知道,多肽链之各氨基酸残基,具有带电性、体积等的差异.若驱动蛋白质肽链穿过某一特殊制备的纳米孔道,不同氨基酸残基应将受到大小、方向不同的电场力和纳米孔道的阻尼力.如何利用SMD技术,揭示这一差异性,进而探索用纳米孔道传感器测定蛋白质一级结构的可能性,无疑是一种有益的探索.本文研究用纳米孔道测定蛋白质序列的分子动力学模拟。