新基因NYGGF4在肥胖患儿脂肪组织中的表达验证及生物信息学分析

摘要

目的验证新基因NYGGF4在肥胖患儿脂肪组织中的表达，初步探讨NYGGF4的生物信息学特征。方法采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术验证肥胖与正常儿童脂肪组织中NYGGF4基因的表达差异，应用DNAStar、Blast、ProtParam、SOPMA、TargetP、TMHMM、ProtScale、SOSUI、Interpro Scan和SMART等软件或数据库分析NYGGF4的核苷酸基本特征、蛋白质理化性质、二级结构、信号肽、跨膜结构域、疏水性／亲水性、可溶性、结构域及亚细胞定位等。结果NYGGF4基因是一个未知的新基因，差异高表达于肥胖患儿脂肪组织中，该基因cDNA全长1527bp，开放阅读框长753bp，编码250个氨基酸，预测相对分子质量28271，定位在胞浆，蛋白序列分析显示无跨膜螺旋结构，为一非分泌、可溶的亲水性蛋白，蛋白结构域分析提示NYGGF4的N端有一较短的亲脂性靶向序列、C端有-PTB(phosphotyrosine-bindingdomain)结构域。结论NYGGF4基因是一差异高表达于肥胖患儿脂肪组织中的新基因，可能是胞浆内一个信号转导分子，可能在肥胖的发生发展过程中发挥重要功能，有进一步研究的价值。